从发病原因上分析有下面几种因素：
一.体质因素
1婴儿胃肠道发育不够成熟，酶的活性较低，但营养需要相对地多，胃肠道负担重。
2婴儿时期神经、内分泌、循环系统及肝、肾功能发育均未成熟，调节机能较差。
3婴儿免疫功能也不完善。血清大肠杆菌抗体滴度以初生至2周岁最低，以后渐升高。因而婴幼儿易患大肠杆菌肠炎。母乳中大肠杆菌抗体滴度高，特别是初乳中致病性大肠杆菌分泌型IgA高，所以母乳喂养儿较少发病，患病也较轻。同理小婴儿轮状病毒抗体低，同一集体流行时，小婴儿罹病多。
4婴儿体液分布和成人不同，细胞外液占比例较高，且水分代谢旺盛，调节功能又差，较易发生水、电解质酸碱紊乱。婴儿易患佝偻病和营养不良，易致消化功能紊乱，此时肠道分泌型IgA不足，腹泻后易於迁延
二.感染因素
分为消化道内与消化道外感染，以前者为主。
1消化道内感染：致病微生物可随污染的食物或水进入小儿消化道，因而易发生在人工喂养儿。哺喂时所用器皿或食物本身如未经消毒或消毒不够，亦有感染可能。病毒也可通过呼吸道或水源感染。其次是由成人带菌(毒)者的传染，如病房内暴发细菌性(或病毒性)肠炎后部分医护人员受染，成为无症状肠道带菌(毒)者，可导致病原传播。
2消化道外感染：消化道外的器官、组织受到感染也可引起腹泻，常见于中耳炎、咽炎、肺炎、泌尿道感染和皮肤感染等。腹泻多不严重，年龄越小者越多见。引起腹泻的原因一部分是因为肠道外感染引起消化功能紊乱，另一部分可能是肠道内外均为同一病原(主要是病毒)感染所引起。
3滥用抗生素所致的肠道菌群紊乱：长期较大量地应用广谱抗生素如氯霉素、卡那霉素、庆大霉素、氨苄青霉素、各种头孢霉素，特别是两种或以上并用时，除可直接刺激肠道或刺激植物神经引起肠蠕动增快、葡萄糖吸收减少、双糖酶活性降低而发生腹泻外，更严重的是可引起肠道菌群紊乱。此时正常的肠道大肠杆菌消失或明显减少，同时耐药性金黄色葡萄球菌、变形杆菌、绿脓杆菌、难辨梭状芽胞杆菌或白色念珠菌等可大量繁殖，引起药物较难控制的肠炎。
三.消化功能紊乱
1饮食因素;
2不耐受碳水化物;
3食物过敏;
4药物影响;
5其他因素：如不清洁的环境、户外活动过少，生活规律的突然改变、外界气候的突变(中医称为“风、寒、暑、湿泻”)等，也易引起婴儿腹泻。
四、生理性腹泻
婴儿生理性腹泻多见于8个月内小儿，其外观虚胖，常有湿疹，出生后不久即腹泻，大便次数多且稀，但食欲好，无呕吐及其他症状，生长发育不受影响，添加辅食后，大便逐渐恢复正常。生理性腹泻是某些小儿的正常现象，不属病态，无须用药。
分析：
胃肠道功能紊乱导致的腹泻，主要发生在2岁以下的小儿。其临床表现主要为：大便次数增多，稀或呈“蛋花汤”样，每日10余次或更多，轻症一般情况良好，重症常伴发热、呕吐、食欲减低，并可发生脱水、酸中毒及电解质紊乱(低钾血症、低钙血症、低镁血症)等。如四肢冰凉，脉搏细弱或摸不到，说明脱水已达到严重程度，发生了休克可危及生命，故应密切观察病情，特别注意四肢温度与小便量。此外，如发现呼吸快，说明有酸中毒。应尽快查血气分析和纠酸
感染性腹泻主要由细菌、病毒导致，正常人肠道有100-400种细菌，包括有益菌和有害菌。机体健康情况下有害菌并不致病，反而与有益菌相互制约，互相协调，维持正常微生态平衡，还能阻挡外袭菌的入侵，从而维护机体的健康。可一旦环境变化或长期应用抗生素，有益菌就会被抑制，其数量急剧减少或消失，有害菌增多，肠内菌群发生混乱，导致腹泻不愈及继发真菌性肠炎。
对于病毒性感染目前尚无特效药物，以对症处理为主，确诊为病毒性肠炎如轮状病毒肠炎，不必使用抗生素，其病程短，可以自愈;对于细菌性腹泻中产生肠毒素而致病者，可不必用或少用抗生素;对于大便中混有粘液血便、大便镜检白细胞明显增多、伴有腹疼里急后重者需要用抗生素;一旦出现肠道菌群紊乱或继发真菌性肠炎时，应停用抗菌素，给以微生态制剂，以便扶植肠道正常菌，恢复正常生态平衡，抵御外来病原菌入侵。合并真菌性肠炎，还可加用制霉菌素口服。
治疗：
1、饮食调整。
2.根据病原选择抗生素治疗。
3.有失水者做口服或静脉补液。
4.对症支持治疗。
用药原则：细菌性肠炎选用1～2种抗生素，如庆大酶素(小儿不建议使用)、氨芐青毒素、新青酶素Ⅱ。霉菌性肠炎选用制霉菌素、克霉唑、里素劳等口服。轮状病毒性肠炎口服潘生丁，或静滴病毒唑，一般不使用抗生素。腹泻时间长，体质虚弱者予支持疗法，输注白蛋白或血浆。中毒症状消失，大便检查无红细胞、白细胞及脓球，但腹泻不止者可用止泻剂，呕吐、腹胀者对症处理 ，重型腹泻引起失水、电解质紊乱，即应进行液体疗法，输入各种组成液，如2：1溶液、1/2张液、2/3张液，酸中毒严重者补充碱性溶液，如出现低钙抽搐者，可补钙。
目前，治疗小儿腹泻常用的药物，比较安全有效的有： 1 蒙脱石粉，即思密达 ，具有加强、修复消化道粘膜的屏障作用，并能固定、清除各种病毒、细菌及其毒素，适用于各种腹泻。 2 微生态调节剂，如双歧杆菌制剂 ，疗效较好的制剂有培菲康、丽珠肠乐、金双歧，可调节肠道内环境的稳定，保护肠道内有益菌群，有利于腹泻的治疗。(药品具体名太多，恕不一一列举)也可在中医辨证指导下服用中成药或方剂治疗:属伤食型，宜消食化积、和中止泻。可用保和丸、大山碴丸、化积散、小儿化食丸等。属风寒型，宜疏风散寒，化湿祛邪。可用藿香正气散、暑湿正气丸、暖脐膏、健胃止痛片等。属湿热型，宜清热利湿。可用加味香连丸、香连丸、木香槟榔片、胃生力片等。属脾虚型，宜健脾止泻。可用七味白术散、小儿参苓白术散、小儿止泻片、小儿香橘丸、启脾丸等。属脾肾阳虚型，宜补脾温肾。可用附子理中丸、四神丸、补脾益肠丸等
目前收集到的不宜使用的治疗小儿腹泻的有：
1：易蒙停
适用于各种病因引起的急慢性腹泻的治疗。但其作用强烈，用于低龄儿童易致药物不良反应，如影响中枢神经系统等，加之曾有新生儿用药致死的报道，故国内外均限制用于低龄儿，如我国易蒙停使用说明书中就规定5岁以下儿童禁用。
2：复方苯乙哌啶
适用于急慢性功能腹泻及慢性肠炎的治疗。该药每片含有盐酸地芬诺酯2.5毫克、硫酸阿托品0.025毫克，其中地芬诺酯对肠道作用类似吗啡，可直接作用于肠道平滑肌，作用亦很强烈。由于国内外不断有应用该药致小儿中毒甚至致死的报道(死亡病例集中于小于2岁婴幼儿)，又因该药小儿用药剂量至今尚无统一标准，因此2岁以下婴幼儿禁用，2岁以上小儿若用亦须谨慎，要严格控制用药剂量。
3：氟哌酸
对致病性大肠杆菌、沙门氏菌属等所致的胃肠炎、菌痢有良好疗效，临床应用广泛，为人们熟知。但因该药及其同类(喹诺酮类)药物有引起骨病变的可能，因此，16岁以下小儿不宜选用。
4：四环素
具有广谱抗菌作用，治疗感染性腹泻具有一定疗效。但8岁以下小儿应用四环素及同类药物如土霉素、强力霉素、美满霉素等可致恒牙黄染、牙釉质发育不良和骨生长抑制，因此8岁以下的小儿应避免应用此类药物。
5：药用炭
能吸附导致腹泻及腹部不适的多种有毒与无毒刺激物，减轻对肠壁的刺激，减少蠕动，从而起到止泻作用。但由于该药吸附作用强且无选择性，对消化酶如胃蛋白酶、胰酶的活性均有影响，长期应用可致小儿营养不良，故3岁以下小儿不宜长期应用
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