意外怀孕如果需要终止妊娠，对女性的身体是会造成明显的伤害的。因为不管是采取药物流产，还是人工流产，都可能会损伤女性的生殖系统。
药物流产主要是通过服用药物的方式，将胚胎清除到子宫以外。很多人认为这种方式因为没有进行宫腔操作，所以不会损伤到子宫，但是药物流产相比于人工流产阴道流血时间会比较长，长时间的阴道流血就容易引发阴道内原有的细菌过度繁殖。所以药物流产术后发生盆腔感染、慢性盆腔炎的几率也是比较高的。也有可能会引发输卵管黏连和输卵管阻塞，这些情况都可能会导致不孕。
而人工流产除了可能会发生盆腔感染、输卵管黏连、输卵管阻塞以外，还可能会在手术操作过程中，由于器械刮宫损伤子宫内膜。轻度者可能会出现子宫内膜偏薄、月经减少，但如果在刮宫的过程中，损伤到子宫内膜的基底层，就有可能会出现宫腔黏、连闭经等问题，就会造成不孕。